1941 г. – В начале июля общежитие мединститута отдано под госпиталь, а в начале августа госпитали разместились во 2-ой клинической больнице, клинике нервных болезней и больнице им. Соловьева — базах мединститута.
  10 июля 1941 г. — Все оставшиеся на кафедрах сотрудники были распределены по различным объектам для оказания помощи в оборонной работе (районные и городские штабы МПВО, госпитали и т.д.).
  1941-1942 гг. – в институт прибывают студенты и научные работники, эвакуированные из прифронтовых мединститутов.
  Апрель 1942 г. — Комиссией в составе доцента Л.Е. Каршиной, профессора И.М. Булаева и Яхонтова разработан план лечебно-профилактической и санитарно-просветительской работы в помощь органам здравоохранения, который в дальнейшем был реализован.
  11 июля 1942 г. — Ректором института назначена воспитанница АГМИ, первая женщина удостоенная звания профессора, первая и единственная женщина — ректор медицинского института в военное время —  Л.Е. Каршина, зав. кафедрой общей гигиены.
  15 августа 1942 г. — На базе кафедр общей химии, биохимии, фармакологии и физиологии развернула работу спецлаборатория по изготовлению зажигательных бутылок для борьбы с танками и бронетранспортерами противника.
  10 сентября 1942 года — в связи с напряженной обстановкой, сложившейся на юго-восточном участке советского фронта, институт по распоряжению Наркомздрава СССР  эвакуирован в г. Куйбышев.
  15 октября 1942 г. — в течение полутора месяцев Астраханский мединститут обеспечивал своими кадрами полноценное проведение занятий в Куйбышевском мединституте.
  19 декабря 1942 г. — В соответствии с правительственным указанием об эвакуации, Астраханский медицинский институт отбыл из г. Куйбышева в г. Барнаул. Институт начал работать в составе двух факультетов: лечебного и педиатрического с общим количеством студентов 457 человек.
  1943 г. – Выполнив годовой учебный план, институт произвел очередной 27 выпуск врачей.
  7 сентября 1943 г. — Из Наркомздрава получен приказ о реэвакуации мединстиута.
  17 октября 1943 г. — мединститут был эвакуирован в Астрахань. В 20 числах октября начался новый 1943-1944 учебный год.
  9 ноября 1943 г. — профессорско-преподавательский и студенческий состав отметили знаменательную дату — 25 лет существования института.
  1 мая 1944 г. — Праздничный приказ. Благодарность кафедрам за доблестный труд. Противник от Волги изгнан за Прут, бои идут на территории врага.
  9 мая 1945 года — Победа — и скромный вклад в нее нашего института. За время войны институтом выпущено около 1000 врачей.