1986 г. – переезд в новый учебный корпус (ул. Бакинская, 121);
1988 г. – создание Музея истории вуза;
1991 г. – Государственная аттестация института и рекомендация к аккредитации;
1991 г. – организация отдела по планированию и патентоведению;
1991 г. – открытие факультета усовершенствования врачей (декан – проф. В.В. Горячев)
1992 г. – открытие факультета иностранных студентов (декан – Л.С. Милосердова)
1993 г. – открытие факультета последипломной подготовки (декан – д.м.н. проф. В.Е. Кутуков)
1994 г. – организация филиала Российской экологической академии;